O sistema de arquivos FAT16 foi introduzido com o MS–DOS em 1981, e agora mostra a sua “idade”. Ele foi criado primeiramente para lidar com arquivos em uma unidade de disquete e passou por poucas alterações no decorrer dos anos para que possa também lidar com discos rígidos e até mesmo nomes de arquivos maiores do que o limite de 8,3 caracteres, mais ainda é o menor denominador comum. A maior vantagem do FAT16 é o fato de ele ser compatível com vários sistemas operacionais, incluindo o Windows 95/98/Me, OS/2, Linux e algumas versões do UNIX. O maior problema do FAT16 é o fato de ele ter um número máximo fixo de clusters por partição; sendo assim, conforme os discos rígidos ficam cada vez maiores, o tamanho de cada cluster aumenta também. Em uma partição de 2 GB, cada cluster tem 32 kilobytes, mostrando que mesmo o menor arquivo na partição irá ocupar um espaço de 32 KB. O FAT16 também não suporta compactação, criptografia ou segurança avançada usando as listas de controle de acesso.
FAT32
O sistema de arquivos FAT32, introduzido no Windows 95 Service Release 2, é apenas uma extensão do sistema de arquivos original FAT16 que oferece um número muito maior de clusters por partição. Sendo assim, ele melhora muito a utilização geral do disco quando comparado a um sistema de arquivos FAT16. No entanto, o FAT32 compartilha todas as demais limitações do FAT16, e inclui uma outra limitação importante (muitos sistemas operacionais que reconhecem o FAT16 não irão funcionar com o FAT32), o que é mais nítido no Windows NT, mas também no Linux e UNIX. Não será um problema se você estiver executando um FAT32 em um computador do Windows XP e compartilhar a sua unidade com outros computadores na rede (eles não precisam saber, e geralmente não se importam com isso, qual é o seu sistema de arquivos).
As Vantagens do NTFS
O sistema de arquivos NTFS, introduzido na primeira versão do Windows NT, é um sistema de arquivos completamente diferente do FAT. Ele oferece segurança muito melhor, compactação arquivo por arquivo, cotas e até criptografia. É o sistema de arquivos padrão para novas instalações do Windows XP. Se você estiver atualizando a partir de uma versão anterior do Windows, você receberá a pergunta sobre converter ou não seus sistemas de arquivos existentes para NTFS. Não se preocupe. Se você já atualizou para o Windows XP e não fez a conversão, tudo bem. Você poderá converter o FAT16 ou FAT32 para NTFS a qualquer momento. Lembre-se de que não é possível retornar facilmente ao FAT ou FAT32 (sem precisar reformatar a unidade ou a partição), não que eu ache que você irá querer fazer isso.
O sistema de arquivos NTFS geralmente não é compatível com outros sistemas operacionais instalados no mesmo computador e não está disponível se você iniciou o computador a partir de uma unidade de disquete. Por isso, muitos administradores de sistemas, incluindo eu mesmo, costumam recomendar que os usuários formatem pelo menos uma pequena partição no começo do disco rígido principal como FAT. Essa partição ofereceu um local para armazenar arquivos de recuperação emergenciais ou drivers especiais necessários para a reinstalação e foi um mecanismo para que você se livrasse de problemas causados por isso. No entanto, com os melhores recursos de recuperação no Windows XP (saiba mais sobre isso em uma coluna posterior), eu não acho que seja necessário ou desejável criar aquela partição FAT inicial.
O sistema de arquivos NTFS geralmente não é compatível com outros sistemas operacionais instalados no mesmo computador e não está disponível se você iniciou o computador a partir de uma unidade de disquete. Por isso, muitos administradores de sistemas, incluindo eu mesmo, costumam recomendar que os usuários formatem pelo menos uma pequena partição no começo do disco rígido principal como FAT. Essa partição ofereceu um local para armazenar arquivos de recuperação emergenciais ou drivers especiais necessários para a reinstalação e foi um mecanismo para que você se livrasse de problemas causados por isso. No entanto, com os melhores recursos de recuperação no Windows XP (saiba mais sobre isso em uma coluna posterior), eu não acho que seja necessário ou desejável criar aquela partição FAT inicial.
Fonte:
http://www.microsoft.com/brasil/windowsxp/using/setup/expert/russel_october01.mspx
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